عند تمكين Windows 2000 Terminal Services في وضع ملقم التطبيق، تطلب بعض التطبيقات إجراء تعديلات في الإعداد لتحسين العمل. وفي الوقت الذي تبذل فيه Microsoft وموفر هذه البرامج النصية كل الجهود الممكنة للتأكد من صحة عمل كل مكوّن من التطبيق على الملقم الطرفي، قد يكون من الضروري أحيانًا الاتصال بمطور التطبيق لحل بعض المشاكل المعينة.
عند تثبيت Eudora 4.0 على Windows 2000 Server يقوم بتشغيل خدمات المحطة الطرفية في وضع ملقم التطبيق، يطلب التطبيق تغييرات ثانوية بعد التثبيت لأن Eudora 4.0 لا يدعم تعدد المستخدمين. يغير هذا التحديث أذونات التسجيل الافتراضية الضرورية للمستخدمين بخلاف المسؤولين حتى يتمكنوا من تشغيل SmartSuite 9 (إصدار Millennium) وإضافة البرنامج النصي ss9usr.cmd إلى usrlogon.cmd.