Når Windows 2000 Terminal Services er aktiveret i programservertilstand, kræver nogle programmer konfigurationsændringer for at fungere optimalt. Selv om Microsoft og udbyderen af disse scripts gør sig store anstrengelser for at sikre, at hver komponent af et program fungerer korrekt på en terminalserver, kan det være nødvendigt at kontakte udvikleren af programmet for at løse bestemte problemer.
Når Eudora 4.0 installeres på en Windows 2000 Server, der kører Terminal Services i programservertilstand, kræver programmet mindre ændringer efter installationen, fordi Eudora 4.0 ikke understøtter flere brugere. Denne opdatering ændrer de standardrettigheder til registreringsdatabasen, der er nødvendige for brugere, der ikke har administratorrettigheder, så de kan køre SmartSuite 9 (Millennium Edition) og føje scriptet ss9usr.cmd til usrlogon.cmd.