Når Windows 2000 Terminal Services er aktiveret i programservertilstand, kræver nogle programmer konfigurationsændringer for at fungere optimalt. Selv om Microsoft og udbyderen af disse scripts gør sig store anstrengelser for at sikre, at hver komponent af et program fungerer korrekt på en terminalserver, kan det være nødvendigt at kontakte udvikleren af programmet for at løse bestemte problemer.
Når Lotus Notes 4.x installeres på en Windows 2000 Server, der kører Terminal Services i programservertilstand, kræver programmet mindre ændringer efter installationen. Lotus Notes 4.x skal installeres ved hjælp af en bestemt metode for at være mest kompatibel med Terminal Services. Denne installationsmetode adskiller på korrekt vis brugerspecifikke data fra systemspecifikke data.