Gdy w trybie serwera aplikacji włączone są usługi terminalowe systemu Windows 2000, niektóre aplikacje mogą wymagać modyfikacji ustawień, aby optymalnie pracować. Chociaż firma Microsoft oraz dostawca tych skryptów podejmują wszelkie starania, aby zapewnić prawidłową pracę każdego składnika aplikacji na serwerze terminali, może być konieczny kontakt z deweloperem określonej aplikacji w celu rozwiązania pewnych problemów.
W przypadku gdy pakiet Lotus SmartSuite 9.5 został zainstalowany w systemie Windows 2000 Server, w którym działają usługi terminalowe w trybie serwera aplikacji, aplikacja wymaga niewielkich zmian po instalacji, ponieważ pakiet Lotus SmartSuite 9.5 nie obsługuje wielu użytkowników. Ta aktualizacja zmienia domyślne uprawnienia dostępu dla rejestru niezbędne dla użytkowników nie będących administratorami systemu do uruchomienia pakietu SmartSuite 9 (Millennium Edition) oraz dodania skryptu ss9usr.cmd do pliku usrlogon.cmd.
Uwaga Jeżeli pakiet Lotus SmartSuite 9 został zainstalowany w systemie Windows NT 4.0 Edycja serwera terminali i zaktualizowany do wersji Windows 2000 z usługami terminalowymi, należy przeprowadzić dezinstalację pakietu Lotus SmartSuite i ponownie zainstalować go w systemie Windows 2000, a następnie uruchomić skrypt SSuite9.cmd. Należy to zrobić, ponieważ w systemie Windows 2000 skrypty zgodności aplikacji nie wymagają już przeprowadzania instalacji węzła SmartSuite dla każdego użytkownika.