Gdy w trybie serwera aplikacji włączone są usługi terminalowe systemu Windows 2000, niektóre aplikacje mogą wymagać modyfikacji ustawień, aby optymalnie pracować. Chociaż firma Microsoft oraz dostawca tych skryptów podejmują wszelkie starania, aby zapewnić prawidłową pracę każdego składnika aplikacji na serwerze terminali, może być konieczny kontakt z deweloperem określonej aplikacji w celu rozwiązania pewnych problemów.
W przypadku gdy program Eudora 4.0 został zainstalowany w systemie Windows 2000 Server z uruchomionymi usługami terminalowymi w trybie serwera aplikacji, aplikacja wymaga niewielkich zmian po instalacji, ponieważ program Eudora 4.0 nie obsługuje wielu użytkowników. Ta aktualizacja zmienia domyślne uprawnienia dostępu dla rejestru niezbędne dla użytkowników nie będących administratorami systemu do uruchomienia pakietu SmartSuite 9 (Millennium Edition) oraz dodania skryptu ss9usr.cmd do pliku usrlogon.cmd.