Gdy w trybie serwera aplikacji włączone są usługi terminalowe systemu Windows 2000, niektóre aplikacje mogą wymagać modyfikacji ustawień, aby optymalnie pracować. Chociaż firma Microsoft oraz dostawca tych skryptów podejmują wszelkie starania, aby zapewnić prawidłową pracę każdego składnika aplikacji na serwerze terminali, może być konieczny kontakt z deweloperem określonej aplikacji w celu rozwiązania pewnych problemów.
W przypadku gdy program Lotus Notes 4.x został zainstalowany w systemie Windows 2000 Server z uruchomionymi usługami terminalowymi w trybie serwera aplikacji, aplikacja wymaga niewielkich zmian po instalacji. W celu osiągnięcia najlepszej zgodności z usługami terminalowymi, program Lotus Notes 4.x musi zostać zainstalowany za pomocą specyficznej metody. W tej metodzie instalacji dane użytkownika są prawidłowo oddzielane od danych systemowych.