Quando os serviços de terminal do Windows 2000 estão ativados no modo de servidor de aplicativos, alguns aplicativos requerem modificações de configuração para funcionarem de forma otimizada. Embora a Microsoft e o provedor desses scripts esforcem-se para garantir que cada componente de um aplicativo funcione corretamente em um servidor de terminal, talvez seja necessário entrar em contato com o desenvolvedor do aplicativo para resolver determinados problemas.
Quando o Eudora 4.0 está instalado no Windows 2000 Server executando os serviços de terminal no Modo de servidor de aplicativos, o aplicativo requer pequenas alterações após a instalação, porque o Eudora 4.0 não oferece suporte a vários usuários. Esta atualização altera as permissões padrão do Registro necessárias para que os usuários não administradores possam executar o SmartSuite 9 (Millennium Edition) e adicionar o script ss9usr.cmd ao usrlogon.cmd.