Quando os serviços de terminal do Windows 2000 estão ativados no modo de servidor de aplicativos, alguns aplicativos requerem modificações de configuração para funcionarem de forma otimizada. Embora a Microsoft e o provedor desses scripts esforcem-se para garantir que cada componente de um aplicativo funcione corretamente em um servidor de terminal, talvez seja necessário entrar em contato com o desenvolvedor do aplicativo para resolver determinados problemas.
Quando o Lotus Notes 4.x está instalado no Windows 2000 Server executando os serviços de terminal no Modo de servidor de aplicativos, o aplicativo requer pequenas alterações após a instalação. O Lotus Notes 4.x deve ser instalado através de um método específico para obter melhor compatibilidade com os serviços de terminal. Esse método de instalação separa corretamente por usuário os dados do sistema todo.