Os servidores modernos têm diversos esquemas para controlar acesso a seus recursos. Use-os.
No Windows NT, 2000, XP e 2003 você deve usar o sistema de arquivos “NTFS” e nunca o “FAT”. O NTFS permite atribuir “listas de acesso” a arquivos e diretórios. É possível, por exemplo, permitir apenas leitura em um determinado diretório por um determinado usuário.
Normalmente o diretório ““\Arquivo de Programas” não pode ser escrito depois da instalação. Grave os dados dos programas sempre em outros diretórios como “\Meus Documentos”.
Se estiver usando o SQL Server, você pode atribuir privilégios como consulta ou inserção a tabelas e usuários. Use este recurso de forma a impedir que um usuário que deveria apenas consultar a base possa fazer modificações, por exemplo.
O .NET Framework possui também o recurso de “Code Access Security” que permite liberar privilégios conforme a origem ou presença de assinaturas criptográficas o código. Use-o.